Первоначально режиссером фильма должен был стать Ренни Харлин, но он покинул проект, для того чтобы снять продолжение фильма «Крепкий орешек» (1988). Затем Винсент Уорд значился режиссером фильма, но спустя несколько месяцев он был уволен из-за творческих разногласий с продюсерами. Также на пост режиссера рассматривался сценарист фильма, Уолтер Хилл, но он отказался от данной должности, когда Дэвид Финчер получил предложение поставить фильм.

Спустя две недели с начала съёмок оператор Алекс Томсон заменил Джордана Кроненвета из-за болезни последнего.

Героиня Сигурни Уивер, Рипли, отсутствовала в ранних версиях сценария.

В первоначальном варианте сценария появление чужого не планировалось.

После того как был закончен первый вариант сценария (в котором действие происходит в монастыре), началось возведение декораций. Так как сценарий постоянно переписывался, то работы были остановлены. Несмотря на то, что в окончательной версии сценария действие происходит в тюрьме, для съёмок фильма были использованы некоторые наполовину достроенные декорации помещений монастыря.

В сценарии, который написал Уильям Гибсон, Рипли большую часть времени находилась в коме.

Из-за того, что в первых вариантах сценария действие происходило на Земле, одним из ранних слоганов фильма была фраза: «On Earth, everyone can hear you scream» (На Земле каждый сможет услышать твой вопль).

Если перевести венгерское название фильма обратно на английский язык, то получится «Final Solution: Death» (Окончательное решение: Cмерть).

В серии комиксов, выпущенных по вселенной киносериала, действие происходило спустя несколько лет после событий в «Чужих». Повзрослевшая Ньют и Хикс пытаются помешать корпорации «Вэйланд Ютани» (Weyland Yutani) заполучить особь чужого. Комиксы были переизданы к моменту выхода «Чужого 3» (1992) на экраны.

После завершения съёмочного периода Дэвид Финчер покинул данный проект, аргументируя это постоянным вмешательством студии в творческий процесс. Он не принимал участия в монтаже фильма.

Одна из ранних идей фильма предполагала чужого, появляющегося из груди героя Майкла Бина, Хикса. Даже была создана модель Хикса с разорванной грудью, но после того как Бин узнал об этом, он пригрозил подать в суд на продюсеров за использование этой модели без его согласия. В дальнейшем продюсеры отказались от этой идеи, но заплатили Бину за использование в фильме его фотографий. По неподтвержденным данным за свои фотографии Бин получил больше денег, чем за его роль в фильме «Чужие» (1986).

Фраза доктора Клеменса о Фурии-161 «…планета-тюрьма, принадлежащая Вэйлэнд Ютани» является первым упоминанием вслух названия Компании. Раньше можно было заметить название Компании на различном оборудовании и компьютерных мониторах, но персонажи всегда называли компанию просто «Компанией».

Роль Клеменса была предложена Гэбриелю Бирну.

За пределами съёмочной площадки Сигурни Уивер пришлось носить парик, т.к. её двухлетней дочке уж очень не нравилась лысая мама.

В данном фильме чужой отличается от себе подобных в предыдущих картинах: у него более четко выражены губы и отсутствуют органические трубки на спине.

Монтаж фильма продолжался около года.

Кран, который поднимает спасательную шлюпку из воды, был построен из различных частей истребителя X-Wing из «Звездных войн».

На поверхности планеты можно заметить крест, символизирующий религию, которую приняли заключенные. Декораторы создали четыре модели креста, после чего Дэвид Финчер выбрал одну из них.

Большинство декораций завода было сделано из картона.

Г.Р. Гигер разработал внешний вид чужого, который напоминал пуму с клешнями. Продюсеры также сказали ему, чтобы он сделал модели чужих более сексуальными. Гигер предложил модель чужого, у которого были женские губы. Одна из его идей заключалось в том, что чужой целует жертву, тем самым убивая её. Данная идея была использована в фильме «Особь» (1995), где внешний вид инопланетного существа также разработал Гигер.

Гонорар за работу над этим фильмом Винсент Уорд использовал для финансирования своей следующей картины «Карта человеческого сердца» (1992).

В контракте Сигурни Уивер был специальный пункт, гласящий, что сценарий фильма должны были обязательно написать Уолтер Хилл и Дэвид Гайлер. По словам Уивер, Рипли – сложный образ, и только Джеймсу Кэмерону, Хиллу и Гайлеру удалось раскрыть данного персонажа.

Эрик Ред, Дэвид Туи, Джон Фазано и Рекс Пикетт написали свои версии сценария фильма. В настоящее время их работы можно легко найти в интернете.

На одном из этапов разработки проекта рассматривались различные варианты сюжета, в которых отсутствовала Рипли. Однако некоторое время спустя, Джо Рот (на тот момент президент студии 20th Century Fox) заявил, что продолжение будет снято, только если в него вернется героиня Сигурни Уивер.

В 2004 году студия «20th Century Fox» выпустила специальное издание всех четырех фильмов на DVD – «Alien Quadrilogy». Студия очень хотела, чтобы Дэвид Финчер смонтировал свой вариант картины и записал комментарии к ней, но Дэвид отказался. Финчер – единственный режиссер фильмов о чужих, который отказался иметь что-либо общее с проектом после завершения съёмок.

Специальная версия 2003 года имеет хронометраж 145 минут.

13 миллионов долларов было потрачено на декорации, которые не использовались в фильме.

Сигурни Уивер изначально не горела большим желанием сниматься в продолжениях и была согласна лишь на небольшое камео.

На пост режиссера Гайлер и Хилл попробовали подписать Ридли Скотта — но из-за чрезмерной занятости (у него в разработке находилось сразу три проекта) ему пришлось отказаться.

Первоначальные идеи начинались с «Чужих», высаживающихся на Землю и мутирующих в супермонстров, уничтожающих Нью-Йорк, и заканчивались Рипли и выросшей Ньют, которые охотятся на новый вид «Чужого» в мегаполисе в стиле фильма «Бегущий по лезвию» (1982).

Первым автором, привлеченным к проекту, стал, считающийся ныне отцом кибер-панка, Уильям Гибсон. Осенью 1987 года он стал писать сценарий на основе идеи Гайлера и Хилла. К декабрю 1987 года он закончил первую версию сценария объемом в 140 страниц. Из сценария Уильяма Гибсона мы узнаем, что в мире существует два могущественных центра силы: компания «Уэйланд-Ютани» и подчиненное ей правительство, и Союз прогрессивных народов (Union of Progressive People), своеобразный космический правопреемник СССР и организации Варшавского договора. Сценарий был написан, когда участие Сигурни Уивер в фильме было под вопросом, поэтому во главу сюжета были поставлены Хикс и Бишоп (персонажи из фильма «Чужие» (1986)). Единственное, что осталось от идей Гибсона в «Чужом 3» — тюремные номера на шеях заключенных.

Первоначально Рекс Пикетт, нанятый помогать Дэвиду Финчеру переделывать сценарий, должен был лишь исправить вторую его половину, который написали Гайлер с Хиллом — но время катастрофически поджимало к съемкам фильма, и ему в итоге пришлось переписывать практически весь сценарий, собирая его по кусочкам из предыдущих версий. После мучительных раздумий было принято решение окончательно отказаться от деревянного планетоида и «чужих-мутантов» и вернуться к тематике скрипта Туи, заменив монастырь тюрьмой, а монахов из сценария Уорда — на зеков. Часть декораций монастыря удалось перепрофилировать под тюремные, другая часть (стоимостью в 7 миллионов) так и осталась неиспользованной. В спешке никого уже не волновали вопросы о том, как яйцо «чужого» попало на «Сулако» и другие логические нестыковки — нужно было лишь написать хоть что-то вменяемое, чтобы снять фильм к давно объявленной дате премьеры.

Когда сценарий был готов, вместо благодарности Гайлер с Хиллом уволили и его автора Рекса Пикетта, видно решив, что дальше смогут и сами управиться, и в итоге Пикетт даже не получил упоминания в титрах.

Когда вышел первый тизер к «Чужому 3» (сделанный в духе классического ролика к фильму Скотта), он предварялся следующим тэглайном: «В 1979 году вы узнали, что в космосе никто не услышит твой крик. В 1992 году вы узнаете, что на Земле ваш крик услышат все», — что, естественно, было ложью, ибо на тот момент все в съемочной группе прекрасно знали, что действие не будет разворачиваться на Земле.

С титрами возник вопрос — ведь по правилам Гильдии сценаристов требовалось указать авторов сценария и идеи, и в итоге после долгих разбирательств было решено вписать в них Дэвида Гайлера, Уолтера Хилла и Ларри Фергусона в качестве сценаристов и отдельно Винсента Уорда, как «автора сюжета».

Ганс Руди Гигер придумал каноничный облик «чужого». Финчер очень хотел привлечь швейцарца к работе над триквелом, и тот с радостью согласился, нарисовал и выслал по факсу несколько эскизов нового монстра, и даже сделал за свой счет полномасштабную двухметровую модель «чужого», предложив ее студии фактически задаром (по стоимости использованных материалов). Однако далее этого дело не пошло — без объяснения причин студия и Финчер отказались от услуг Гигера, разорвав с ним все связи, и даже не включили его имя в титры, из-за чего швейцарцу пришлось подать в суд на создателей фильма.

Сооружение огромного свинцового завода на студии «Pinewood» заняло 3 месяца.

Оператор Джордан Кроненвет вынужден был выйти из проекта спустя три дня после начала съемок, так как у него обнаружили болезнь Паркинсона. Он умер в 1996 году.

Всего же за период осени-начала зимы 1990 года было написано примерно с десяток различных драфтов, содержащих в себе множество альтернативных сцен и сюжетных поворотов. Вот некоторые из них: 1. В одном из сценариев персонажа Диллона звали Малькольмом. 2. Лицехват заражал Ньют. После аварийной посадки, зародыш Чужого вылезал изо рта тонущей Ньют, после чего запрыгивал на Рипли и вселялся в ее тело. 3. В нескольких версиях сценария чужой по необъяснимым причинам не трогал заключенного Голика и тот начинал «помогать» ему, и охотиться за другими заключенными. В одном из драфтов Голик в финале встречал представителей Компании и отводил их к Рипли, но затем ошибочно решал что Бишоп II это дроид, произносил «ненавижу дроидов», убивал его и погибал от пуль охраны. В другом драфте чужой все же заключал Голика в кокон и позже его в таком состоянии находили герои. 4. В еще одном сценарии была сцена, где Рипли и Диллон находили с десяток замурованных в коконы зеков. Диллон поджигал их, после чего появлялся чужой и убивал Диллона. После этого, до самого конца сценария надзиратель Аарон помогал Рипли, выполняя примерно те же функции, что Диллон в итоговой ленте. Производственная команда даже начала изготовление 20 коконов, но после прихода в проект Финчер отказался от этой идеи, решив что в его версии чужой будет убивать только ради пропитания. Тем не менее, он оставил один из коконов и часто сидел в нем во время съемок, утверждая, что в нем «лучше думается».

В сценарии Винсента Уорда, который получил зеленый свет, действие происходило на планетоиде «Арсеон». На этом планетоиде располагался гигантский деревянный монастырь, построенный Компанией, и окруженный бескрайним морем. В монастыре проживало 350 монахов, которые верили, что они живут в постапокалиптическом средневековье. Монахи не признавали никаких современных технологий, и уклад их жизни ничем не отличался от средневековья. Когда шатл Рипли приземлился на планетоиде, монахи обвинили её в том, что именно она виновата во вторжении чужих на их землю. Рипли была беременна чужим, так сказать, традиционным способом. Поэтому она была беременна гибридом чужого-человека. Уорд покинул проект, после того как продюсеры настояли на том, чтобы он заменил монахов заключенными и отказался от идеи использования деревянного монастыря.

В конце 1991 года из-за постоянно возникающих сложностей, съёмки фильма были остановлены на «Pinewood Studios» (Англия) и перенесены в Лос-Анджелес. Одной из сцен, которые предстояло снять, была сцена убийства чужого в бассейне со свинцом. От Сигурни Уивер снова требовалось побрить наголо голову. Она согласилась, но только если ей дополнительно заплатят $40 000. Продюсеры отклонили её предложение и наняли Грега Кэннома, для того, чтобы он создал специальный парик. Парик обошелся в $16 000, и его создание потребовало много времени и усилий.

Изначально бык должен был стать животным, которое вынашивало эмбрион чужого. Позднее, создатели решили отказаться от данной идеи. Однако, оригинальные сцены были восстановлены и включены в режиссерскую версию фильма (Assembly Cut).

Для того чтобы создать труп Ребекки (Ньют), создатели фильма использовали куклу Кэрри Хенн, сделанную в натуральную величину специально для съёмок фильма «Чужие» (1986).

После того как Дэвид Финчер разругался с продюсерами, ему было отказано в съёмках кульминационной сцены фильма, где Рипли и чужой встречаются лицом к лицу. Несмотря на запрет, Финчер снял данную сцену. Именно его вариант был использован при окончательном монтаже картины.

Финчеру не дали снять важную, по его мнению, сцену с Рипли и Чужим в тюремном подземелье. Финчер взял Уивер, камеру и отснял эту сцену втихаря. Ее можно увидеть в режиссерской версии.

Из театральной версии было вырезано порядка 40 минут материала. Например, была убрана сцена, где заключенным удается загнать чужого в хранилище и позже его освобождает Голик — по версии продюсеров это делало чужого совсем нестрашным. Из-за этого также пришлось убрать весь подсюжет с Голиком. Кроме того, были использованы альтернативные сцены появления чужого на свет, и альтернативный финал, где чужой вырывается из груди Рипли во время прыжка.